La Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM) es la principal institución educativa en el país, una de las más antiguas y prestigiadas en América Latina. Única en su clase, ha sido la base en la que la educación superior de México se ha construido, aún cuando sus orígenes datan del siglo XVI. Con la finalidad de reforzar su carácter nacional de proveedor de educación superior y generador de nuevo conocimiento, ha promovido como una política a largo plazo estrategias de crecimiento y diversificación de sus actividades científicas y de investigación. Es así que se establecen en el estado de Morelos las entidades académicas y de investigación que forman hoy día el Campus Morelos.

El Centro de Investigación sobre  Fijación de Nitrógeno (CIFN) de la UNAM. fue creado en 1980, con la  misión de incorporar a nuestro país al esfuerzo internacional de  conocer las bases moleculares de la fijación biológica de nitrógeno y de  utilizar dicho conocimiento para el desarrollo agrícola. En 1981, el CIFN se establece en Morelos, siendo la primera entidad académica del actual Campus Morelos de la UNAM. El 12 de Noviembre de 2004, el CIFN se transforma en el Centro de Ciencias Genómi-cas  (CCG), como consecuencia de la expansión de los intereses y visión científica de sus investigadores para contribuir al  desarrollo en la UNAM y en el país de las ciencias genómicas. El CCG participa de manera comprometida en la  formación de recursos humanos de alto nivel y en programas  docentes de la UNAM y de otras instituciones de educación superior del país,  principalmente del Estado de Morelos. En este ámbito especial mención  debe tener la Licenciatura en Ciencias Genómicas, programa pionero en el país y en el extranjero, dedicado a la formación de alumnos en las diferentes disciplinas involucradas en las ciencias genómicas. El programa está bajo la responsabilidad conjunta del CCG  y el IBt, con la colaboración de otras entidades de la UNAM.

En 1982 se crea el Centro de Investigación sobre Ingeniería Genética y Biotecnología de la UNAM (CIIGB) dentro de las instalaciones del Instituto de Investigaciones Biomédicas con el objetivo de desarrollar  la biotecnología moderna en la UNAM, sustentada en investigación de excelencia académica y de frontera, así como en la formación de recursos humanos especializados. En 1985 se instala en el campus de la UAEM en el estado de Morelos, donde hasta ahora tiene su cede. En septiembre de 1991, como resultado de la maduración y consolidación de su comunidad académica y por acuerdo del Consejo Universitario, el CIIGB se transformó en el Instituto de Biotecnología (IBt). El Instituto de Biotecnología es ya reconocido como una institución líder, tanto en el plano nacional como en el internacional, por la calidad de sus contribuciones en las diversas disciplinas que conforman esta área de estudio. Actualmente la comunidad académica del IBt está constituida por 101 investigadores y 87 técnicos académicos, que realizan  investigación y participan en el posgrado en Ciencias Bioquímicas, que forma parte de los posgrados de excelencia del CONACYT. En el último lustro el promedio de graduación anual en el Instituto fue de  40 estudiantes de maestría y 20 de doctorado, sin considerar los alumnos de licenciatura; se ofrece, en conjunto con el Centro de Ciencias Genómicas,  la licenciatura en Ciencias Genómicas. La investigación es dirigida por 45 líderes académicos, distribuidos en grupos y consorcios dentro de cinco departamentos: Ingeniería Celular y Biocatálisis, Biología Molecular de Plantas, Genética del Desarrollo y Fisiología Molecular, Microbiología Molecular, y Medicina Molecular y Bioprocesos. Para realizar investigación, el IBt cuenta con una amplia infraestructura, incluidas diversas unidades de apoyo técnico. Destaca un Bioterio, una planta piloto, la Unidad Universitaria de Secuenciación Masiva y el recientemente creado Laboratorio Nacional de Microscopía Avanzada, entre otras

También en ese año (1982), el Instituto de Física de la UNAM establece un laboratorio en la Ciudad de Cuernavaca. Es en 1998 que el Consejo Universitario funda el Centro de Ciencias Físicas (CCF), para realizar investigación científica y con el objetivo de incrementar y difundir el conocimiento en el área de Ciencias Físicas a través de investigaciones originales. El Centro tuvo un solo Director que fue el Dr. Jorge Flores Valdés. Las áreas del conocimiento en las que se especializaban los investigadores del CCF eran: Biofísica  y Ciencia de Materiales, Física Atómica, Molecular y Óptica, Física Teórica y Física No-Lineal. En noviembre del  2006 el Consejo Universitario de la UNAM decide crear el Instituto de Ciencias Físicas (ICF); a partir de entonces, se consolidaron varios grupos de investigación, que gozan de reconocimiento nacional e internacional.

En 1985 se establece en la ciudad de Temixco del estado de Morelos, el Laboratorio de Energía Solar (LES), del Instituto de Investigaciones en Materiales.  Dada la consolidación académica que logró el laboratorio, en 1996 el LES se transforma en el Centro de Investigación en Energía (CIE). Derivado de la fortaleza y madurez en las áreas de investigación básica, aplicada y desarrollos tecnológicos que dan respuesta a los nuevos contextos económicos, ambientales y sociales del país, el Centro de Investigación en Energía (CIE) se convirtió en Instituto de Energías Renovables (IER), por acuerdo unánime del Consejo Universitario el día 25 de enero de 2013. Actualmente el IER es el principal instituto de investigación en energías renovables en México, participa en la formación de recursos humanos de alto nivel a través de los programas de posgrado y de cursos de educación continua de alta especialización que aquí se imparten. Actualmente el IER es sede de la Licenciatura en Ingeniería en Energía Renovables, una carrera que otorga una formación integral a futuros profesionales en temas de Energías Renovables. En el IER se realizan acciones de relevancia en vinculación y divulgación con los sectores público, privado y social. La investigación que se realiza en el IER tiene como fin generar conocimiento de frontera sobre los temas de energía, desde un ámbito multidisciplinario entre las áreas físico matemáticas, químico biológicas, económicas y de las ingenierías, así como investigar nuevas tecnologías para la generación, conversión, transmisión, utiización,  almacenamiento e impactos de la energía, en particular de la fuentes renovables, contribuyendo así al desarrollo sustentable del país.

En 1983, se aprobó el acuerdo de creación del Centro de Investigaciones Multidisciplinarias sobre Sociedad y Cultura (CIMSC). En 1985, el Consejo Universitario, por iniciativa de la Coordinación de Humanidades, decidió cambiar el nombre por el de Centro de Estudios sobre la Identidad Nacional en Zonas Fronterizas (CESINZF), temática que había ocupado los esfuerzos académicos del Centro. Finalmente en septiembre de 1987, el Consejo Técnico de Humanidades, previa evaluación académica del Centro, propuso al Consejo Universitario que se creara, con los recursos y experiencias del CIMCS primero, y del CESINZF después, el Centro Regional de Investigaciones Multidisciplinarias (CRIM). Esta propuesta fue aceptada por el Consejo Universitario en su sesión del 4 de septiembre de 1987. Así el Centro adquiere su denominación actual y su status definitivo como dependencia universitaria. El CRIM surgió de una propuesta innovadora, orientada a diversificar los esquemas con los cuales se realiza la investigación disciplinaria en los institutos tradicionales de la UNAM. Se basa en una organización académica flexible que facilite la formación de equipos multidisciplinarios los que, a partir de problemas específicos y desde una óptica de utilidad y servicio, habrían de realizar análisis e investigación de expresiones de la cultura con carácter multidisciplinario, cuyos nexos e influencias son significativos en el proceso científico, la tecnología nacional y sus aplicaciones en las distintas esferas de la actividad social; así como sus efectos y consecuencias en la producción intelectual, artística y científica del país.

La UNAM, en su iniciativa de descentralización y con la inquietud por crear nuevos polos de desarrollo en provincia y como resultado de un esfuerzo conjunto entre el Instituto de Matemáticas y el IIMAS, instala el 8 de febrero de 1996 la Unidad de Matemáticas en la ciudad de Cuernavaca, Morelos, en un terreno de 8000 metros cuadrados y 2000 de construcción. La entidad contó en sus inicios con 17 académicos y fue creada para dedicarse a la investigación de frontera en matemáticas, a la formación de cuadros de alto nivel en matemáticas y a difundir la cultura matemática. La Unidad de Matemáticas ha buscado la interacción académica y la concreción de proyectos interdisciplinarios, siendo sus principales líneas de investigación: Análisis, Álgebra, Cómputo, Física Matemática, Geometría, Modelación Matemática y Simulación, Sistemas Complejos y Optimización, Sistemas Dinámicos, Teoría de Números y Topología.