E. Continua: 6º. Taller de Dinámica Molecular (sin costo).
Inauguración 25 de julio a las 09:00 hrs.
Fecha: del 25 al 29 de julio de 2016
Fecha límite de inscripción: Cupo limitado a 100 registros.
Lugar: Instituto de Ciencias Físicas, Unidad Cuernavaca
Información disponible en: quimica.izt.uam.mx/TallerDM/
Contacto: Dr. Humberto Saint-Martin, correo hstmartin@fis.unam.mx
Tel.: Intl.52.55.56227796
Instituto de Ciencias Fisicas
Apdo. Postal 48-3, 62251
Cuernavaca, Mor., Mexico
Cd. de Mexico: (01-55)56227751, Fax:56227775
Taller de Dinámica Molecular
El taller está dirigido a estudiantes de licenciatura, posgrado e
investigadores en los campos de la Química, Física, Ingeniería y
Ciencias Biológicas, entre otras especialidades. Los interesados deben
tener conocimientos básicos de Linux y de Dinámica Molecular. [EL TALLER
NO TIENE COSTO]
Objetivo: Promover el desarrollo y la aplicación de programas paralelos
de Dinámica Molecular atomística entre la comunidad científica Mexicana.
Durante el Taller se discutirá la metodología necesaria para usar de
manera confiable y eficiente los programas: NAMD, DL_POLY, LAMMPS, y
GROMACS. Estos programas son públicos, se pueden obtener vía internet
sin costo y se usan en simulaciones atomísticas para estudiar una gran
variedad de fenómenos físicos. Además se usará el programa GAUSSIAN,
para determinar geometrías moleculares y parámetros del potencial de
interacción.
El taller será más práctico que teórico y se dará énfasis a aplicaciones
que se usan actualmente para desarrollar investigación en sistemas
multicomponentes en una o varias fases. Los ejercicios usados para
ilustrar las aplicaciones contienen sistemas tales como agua,
hidrocarburos, proteínas en solución, electrolitos y surfactantes, entre
otros.
Se harán ejercicios en la laptop de cada participante para aprender el
uso de los programas y además en máquinas paralelas, vía internet,
localizadas en algunas Instituciones de Educación Superior. Se
proporcionará apoyo para instalar los programas de dinámica molecular,
antes mencionados, en la laptop de cada participante.
En el taller se hará una evaluación de los distintos programas en cuanto
a velocidad de CPU, potenciales de interacción, algoritmos para generar
trayectorias, dificultad de uso y herramientas para el análisis de
resultados. Además se usarán programas de apoyo para generar posiciones
y velocidades iniciales, así como para el análisis de resultados.
Con el fin de discutir aplicaciones específicas de Dinámica Molecular se
invita a los participantes registrados a que realicen una PRESENTACIÓN
ORAL DE 20 MINUTOS con resultados en sus campos de investigación. No
habrá sesión de POSTERS. Este taller es también una oportunidad para
discutir detalles técnicos de simulación molecular en general.